Giovanni Battista Stoppa nacque nel 1624 a Sent presso Scuol, nella bassa Engadina (Svizzera) da Giovanni Battista e da Maria Lavinia Stoppani di Chiavenna che ebbero altri tre figli. In effetti padre e madre appartenevano allo stesso casato: la madre al ceppo originario di Chiavenna, gia pre-sente nel XIII secolo; il padre al ramo stabilitosi a Sent verso il 1350. Giovanni Battista studiò teologia all'università di Leida e di Ginevra. Dopo aver fatto per qualche tempo il precettore in Francia, passò a Londra come ministro dei valdesi savoiardi là rifugiati. Padrone di cinque lingue, tedesco, olandese, inglese, francese, italiano, godette la fiducia di Cromwell, il quale lo inviò tra il 1654 e il '57 in difficili missioni a Parigi, La Rochelle, Bordeaux, Lione per allacciare contatti con i riformati francesi. Poi ancora in Olanda e in Francia. Nel 1655 pubblicava «Collection or Narrative sent to His Highness the Lord Protector... concerning the Bloody and Barbarous Massacres... of the Valdenses». Caduto in disgrazia presso Cromwell intorno al 1657, lo Stoppa portò al re Carlo II, come oratore di una delegazione, l'omaggio delle chiese straniere a Londra. Ma nuovi intrighi confessionali lo indussero a lasciare definitivamente lInghilterra per la Francia, presso il fratello Pietro, di quattro anni piu vecchio, che ebbe una carriera militare assai prestigiosa. Pure Giovanni Battista intraprese la camera militare, formando nel 1667 una propria compagnia. Combattè in Olanda e in Belgio. Ciò non gli irnpedì di scrivere e pubblicare «Traduction de Sermon Anglois de Baxter sur la Parabole de l'invitation aux nopces sur ces mots de S. Matth. 22. 5. Mais ils n'en tinrent point de compte. A Charaton 1664 ». Mentre i francesi occupavano Utrecht, lo Stoppa scrisse e pubblicò «La Religion des Hollandais representee en plusieurs lettres ecrites par un Officier de l'Armee du Roy a un Pasteur et Professeur en Theologie de Berne. A Paris chez Francois Clousier, et Pierre Aubovin 1673 ». In essa attaccava il filosofo Spinoza, che conosceva personalmente. Nel 1677 formò un reggimento svizzero di 12 compagnie, di cui fu nominato colonnello. Nell'aprile di quellanno si imbarcò a Tolone per la Sicilia contro gli spagnoli. L'anno dopo era in Fiandra, poi e un susseguirsi di missioni in Francia, Spagna, Germania, Fiandre, salvo la parentesi del 1685, in cui fu in Svizzera e in Italia con Gilbert Burnet, il noto prelato e storico anglicano che diverrà vescovo di Salisbury. Nel 1690 usciva frattanto un suo volumetto di 30 pagine: « Giustificazione de' Colonnelli, et Capitani Grigioni, i quali servono il Re di Francia, spiegata in una Lettera scritta a' Signori Capi delle Tre Leghe de' Grigioni ecc. In Pa-rigi 1690». Morì due anni dopo, il 23 agosto 1692, dopo essere stato ferito alla mano una ventina di giorni prima nella battaglia di Steinkerque contro il re di Danimarca. Fu sepolto a Mons in Belgio.
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