Paolo Maria Fedele Paruta nacque il 23 marzo 1737 a Chiavenna dal giureconsulto Cristoforo e da Regina Giani, terzo di otto figli, e fu battezzato subito in casa, perchè in pericolo di vita. La famiglia, gia presente a Chiavenna agli inizi del '400 come Pelafico, assunse alla fine del '500 il cognome Paruta, forse in seguito all'addozione da parte di un membro della celebre famiglia veneziana.
Dopo aver compiuto i primi studi, sino alla grammatica compresa, presso Antonio Messa di Menaggio, canonico e organista di S, Lorenzo in Chiavenna, passò a studiare umanità, retorica, filosofia e teologia scolastica al collegio Elvetico di Milano, dove rimase per una dozzina di anni.
Tre mesi dopo aver avuto a Milano il suddiaconato dal card. Pozzobonelli con beneficio della cappellania Giani nella chiesa di Novate, fu ordinato sacerdote il 31 maggio 1760 da mons. Giuseppe Marini, vescovo ausiliare di Milano. Tre anni dopo fu investito del beneficio Paruta, istituito dalla sua famiglia nella chiesa di S. Lorenzo in Chiavenna, dove risiedeva insieme con la madre, tre sorelle e un fratello.
In quello stesso anno affiorò l'attività per cui il Paruta passera alla storia; la paleografia. Cominciò a trascrivere i più antichi documenti esistenti presso larchivio capitolare laurenziano, che entreranno a far parte di quella importante «Collettanea Paruta», conservata nella Biblioteca capitolare laurenziana, con una cinquantina di documenti chiavennaschi dal 973 al 1098,
Ancora nel 1763 collaborò con appunti e disegni con il padre domenicano Giuseppe Allegranza, che divenne poi bibliotecario alla Braidense di Milano. Frutto di tale preziosa corrispondenza fu il libretto dellAllegranza sui fonte battesimale di Chiavenna, uscito a Venezia nel 1765, con allegate due tavole incise su disegni del Paruta. Non va poi dimenticata la collaborazione del Paruta con molti storici del tempo, tra cui il milanese Giorgio Giulini, il bergamasco Mario Lupi e il bormino Ignazio Bardea.
Al paleografo chiavennasco si deve anche un'altra raccolta di oltre 200 « Documenti chiavennaschi » fino al XIII secolo, relativi alla collegiata di S. Lorenzo e all'abbazia di Dona, conservati nell'Archivio Giani di Novate Mezzola e nel « Carteggio Crollalanza >> dell'Archivio di stato di Como.
Nel 1767 Paolo Paruta, evidentemente noto per la sua competenza paleografica, fu chiamato dal governo austriaco a Como per il riordino di quell'Archivio civico e per linventariazione dei documenti di argomento ecclesiastico e misto, relativi al periodo visconteo - sforzesco. L'incarico fu assolto con celerità e precisione: in pochi mesi fornì due relazioni E un inventario, oggi conservati nell'Archivio di stato di Milano.
Soppressa nel 1773 la compagnia di Gesù, il Paruta fu nominato soprintendente di tutti gli archivi gesuitici a Milano, ma anche di quelli di monasteri, confraternite e benefici soppressi. Frattanto, morti i genitori, tra il 1774 e il 76 si spegnevano anche le sue tre sorelle.
Paolo Paruta morì a Chiavenna il 26 gennaio 1791 e fu sepolto il giorno dopo nel monumento dei preti in S. Lorenzo.
LA sua opera, che ha salvato preziose fonti della nostra storia, fu in parte continuata dal fratello Pietro Antonio (Chiavenna 1752 - Milano 1819), il quale, laureatosi in diritto civile e pontificio a Pavia, ospite del Ghislieri, si stabilì a Milano, dove completò la raccolta di documenti e fu piu volte incaricato dal comune e dalla collegiata di Chiavenna, oltre che da quella di Piuro, di svolgere importanti pratiche di pubblica utilità.